物理治疗科成立于2019年，治疗项目包括改良电抽搐治疗，重复经颅磁刺激，经颅直流电刺激治疗，在总院和白云院区都有治疗室。科室现有医、技、护人员10名，正高职称1人、副高职称1人，博士1人、硕士2人。

我院物理治疗科由神经调控治疗中心和MECT治疗中心组成，负责芳村总院物理治疗及江村院区物理治疗工作，每年负责华南地区技术培训工作，临床业务量也日益剧增，在华南地区内位居首位。我院早在1940年开始将电抽搐治疗（electroconvulsive therapy，ECT）、应用于临床，是国内最早开展电抽搐治疗的医院。1998年，我院从美国引入改良电抽搐治疗（modified electroconvulsive therapy，MECT），成立MECT治疗技术指导小组，并制订了MECT治疗室的工作制度和工作人员职责及操作规程，创建了广东省第一间MECT治疗室。2001年起草了《广东省精神科电抽搐治疗规范（试行）》，并作为广东省改良电抽搐治疗培训教材之一。2009年编写了全国首部MECT培训教材《电抽搐治疗原理与临床应用》。MECT自开展以来，平均每年接受治疗者达1万5千多人次，被广东省卫健委列为适宜卫生计生技术推广项目。2011年，引进重复经颅磁刺激治疗（repeated transcranial magnetic stimulation，rTMS）技术，平均每年接受治疗者达2万5千多人次，使更多的精神障碍患者受益，也对精神科物理治疗新技术的推广应用起到了重要作用。2019年，我院成立了物理治疗科，并成功申请获得中国医师协会颁发的“精神医学物理治疗基地”和广州市卫健委颁发的“广州市临床特色技术项目”。2021年，物理治疗科牵头成立华南精神心理专科联盟精神科物理治疗分联盟，目前参加分联盟单位35家，发挥盟主的带头作用，协作联合兄弟单位共同进步。2024年12月27日，物理治疗病区正式开科！物理治疗病区编制床位50张，主要收治但不限于以下类型的14-65岁女性患者：精神分裂症、心境障碍、神经症、应激相关的及躯体形式障碍等各种急性、慢性精神障碍患者。